Реализует государственную политику в сферах контроля и надзора качества оказания медицинских услуг (помощи), обращения лекарственных средств и медицинских изделий;

Рассматривает дела об административных правонарушениях в соответствии с Кодексом Республики Казахстан об административных правонарушениях;

Осуществляет государственный контроль и надзор в сферах оказания медицинских услуг (помощи), обращения лекарственных средств, медицинских изделий, а также за оборотом наркотических средств, психотропных веществ и прекурсоров в области здравоохранения;

Рассматривает обращения, предложения, отклики, запросы, сообщения физических и юридических лиц по вопросам входящих в компетенцию Департамента;

Оказывает в пределах своей компетенции государственные услуги в сферах оказания медицинских услуг (помощи), обращения лекарственных средств и медицинских изделий;

Осуществляет в пределах своей компетенции разрешительный контроль;

Осуществляет лицензирование медицинской деятельности, за исключением судебно-медицинской, судебно-наркологической, судебно-психиатрической экспертиз, в соответствии с Законом Республики Казахстан «О разрешениях и уведомлениях»;